Korneal transplantasyon sonucunda hastalıklı veya yaralı kornea sağlıklı olanı ile yer değiştirir. Korneanın hastalıklı kısmı özel mikro cerrahi aletler yardımıyla uzaklaştırılır ve bunun yerine saydam donör kornea yerleştirilir. İnce naylon dikişler ile donör kornea emniyet altına alınır ve enfeksiyonu önlemek amacıyla bölgesel olarak antibiyotik kullanılır. İlgili göz steril gazlı bezlerle ve koruyucu siperlerle koruma altına alınır. Ameliyatı takiben, gözün korunması ve iyileşmenin sağlanabilmesi için birkaç ay boyunca göz damlalarının kullanılması gerekmektedir. Bazı hastalar iki ila üç ay gibi bir sürede sağlıklı görmeyi elde ederken, diğerleri tam bir iyileşme için yaklaşık bir yıl beklemek durumunda kalırlar.
Korneal transplantasyonun başarı oranı oldukça yüksektir. Başarıya katkısı olan en önemli faktörler; temelde yatan hastalık süreci ve transplantasyon sırasında kullanılan doku kalitesidir. Yerleştirilen yeni korneanın vücut tarafından reddedildiği durumlarda, ilgili semptomların ortaya çıkmasıyla birlikte hemen ilaç tedavisine başlanırsa gerekli tedavi başarıyla yapılır. Bu yüzden hastaların durumlarında oluşan göz kızarıklığı, ışığa karşı hassasiyet, görme azalması, göz ağrısı gibi ani değişiklikleri hemen cerraha bildirmeleri çok önemli ve gereklidir.